بعد وصول البعثيين الى الحكم عام 1963 وبعد ما فعله الحرس القومي من جرائم بحق العراقيين بشكل عام والشيوعيين بشكل خاص، ثم مجيء الحكم العارفي واستمرار ملاحقة البعثيين على يد القوميين، خصوصا وان ذلك ترافق مع تطورات دولية وانتصار للتجارب الشيوعية في مناطق عديدة من العالم خصوصا في امريكا اللاتينية، تلك التراكمات الدولية اضافة الى تراكمات اخرى داخل البيت الشيوعي دفعت مجموعات من الحزب الشيوعي نحو "النضال المسلّح"، ولهذا تواجدت في مناطق عديدة من الاهوار الوسطى والشرقية مجموعات مختلفة تابعة للحزب الشيوعي، هكذا اختار بعض الشيوعيين الاهوار كي تكون ملاذهم الآمن ومنطلقا لنضالهم المسلح، من ابرز تلك المجموعات الشيوعية المسلحة كانت مجموعة امين الخيون "ابو جماهير"، حيث تمترس في الاهوار وعلى ضفافها بعيد انقلاب عام 1963 الاهوار وقاد مجموعة مسلحة اسماها منظمة "الكفاح المسلح" ازعجت السلطات كثيرا من هناك، حيث قاتل ومجموعته عدة سنوات من الاهوار. ولعل هذه من هم المجموعات الشيوعية المسلحة التي نجحت في الاهوار.
اما المجموعة الاشهر فهي مجموعة خالد زكي ذلك الذي قدم الى العراق بحماس منقطع النظير اواخر العام 1967 قادما من لندن حيث كان يعمل سكرتيرا لمنظمة "Bertrand Arthur William Russell" للسلام واسس بعيد وصوله "جبهة الكفاح الشعبي المسلح في العراق"، وهي الجبهة التي كانت تعتبر الجناح الشيوعي الاخر جناحا يمينيا في توجهاته لذلك من غير المجدي التواصل معه، محور هذه الجبهة ورئيسها خالد احمد زكي، حثّ الشيوعيين على استثمار الارياف واطراف المدن من اجل السيطرة عليها ثم الانطلاق منها للسيطرة على مراكز المدن، تأثّرا بما قامت به بعض التجارب الشيوعية في امريكا اللاتينية.
في منتصف العام 1968 قصد خالد زكي الاهوار الوسطى برفقة مجموعة من الشيوعيين بعضهم هرب من سجن الحلة، ذهبوا الى هناك من اجل تشكيل نواة اولى تستقطب من حولها بهدف قيادة عمل مسلح وثورة شعبية انطلاقا من الاهوار.
بمعنويات عالية وحماس منقطع النظير جاءت تلك المجموعة الثورية أملا في صناعة ثورة شعبية مسلحة، وكان من المفترض ان يمدهم الجناح الشيوعي الذي يميل لحمل السلاح بما يلزم من عدة وعتاد ولكن هذا لم يحصل، فأصيبوا بالإحباط بعد تخلي القيادات الشيوعية عنهم، وقرروا الحصول على السلاح من خلال السيطرة على مخافر الشرطة القريبة من الاهوار، في اول نشاط مسلح لأفراد تلك المجموعة تمكنوا من السيطرة على مخفرين للشرطة قرب قضاء الشطرة والاستحواذ على ما فيهما من سلاح وذخيرة، لكنهم في طريق العودة ظلوا الطريق وبقوا في العراء على ضفاف اهوار ذي قار، فحوصروا هناك لمدة يومين، وبعد تعرّضهم لسلسلة من الكمائن وخوضهم للمواجهة المسلحة مع القوات الامنية والجيش، انتهى بهم المطاف محاصرين في بيئة مكشوفة، فكانت نهايتهم الحزينة جدا في "معركة هور الغموكة" الشهيرة في حزيران عام 1968، حيث قتل خالد أحمد زكي قائد المجموعة وعدد اخر ممن معه وجرح بعضهم، اما البعض الاخر فمنهم من اسر ومنهم من تسرّب اثناء المعركة الى مكان مجهول.
التجربة المستعجلة لم تصمد طويلا وقد خسرت الجولة في اول صدام لها مع الاجهزة الامنية، ولعل ابرز ما ادى الى هزيمتهم انهم لم يكونوا من سكان تلك البيئة ولم يستثمروا خبرة سكانها بشكل جيد، بخلاف ما فعله الاسلاميون في الاهوار، فهم حرصوا على استثمار خبرة سكان الاهوار التي ساعدتهم كثيرا على التكيّف والعيش في بيئة استثنائية جدا، وما يزيد الطين بلة ان مجموعة خالد زكي لم تستقر في مكان واحد كي يتمكن افرادها من معرفة كيفية التحرك بالأهوار ودهاليزها الغامضة، ان من يتحرك بلا معرفة في الاهوار كمن يسير في الصحراء ولا يعرف الى اين يتجه؟! حيث تختفي ملامح الاتجاهات الاربعة ولا ينفع حينها الا خبرة من تربّى على تفاصيل ذلك المكان وتلقّاها بشكل فطري، ان الظروف الامنية تجبرهم احيانا على تغيير مقراتهم لئلا ترصدهم الاجهزة الامنية، لكن هذا يتطلب تنسيقا عاليا بين افراد تلك المجموعات ناهيك عن انهم انقسموا لاحقا الى مجموعتين الاولى استقرت في اهوار ميسان والثانية في أهوار ذي قار، الانقسام توّلد اثر الخلافات في وجهات النظر وهذا ما زاد الطين بلة.
ورغم فشل تجربة مجموعة خالد زكي الا انها سرقت الاضواء الاعلامية من التجارب الشيوعية الاخرى الاكثر نجاحا في الاهوار، مثل تجربة امين خيون في اهوار ذي قار، اضافة الى تجارب المجموعات الاخرى التي انشقت عنها واستقرت في اهوار ميسان الشرقية والغربية في الفترة "1968-1971" إذ ان افراد تلك المجموعات كانوا على معرفة بكيفية التعامل مع بيئة الاهوار وجغرافيتها افضل بكثير مما كانت عليه تجربة خالد زكي، لذلك لم يتعرّضوا الى ابادة.